E’ responsabile per la promozione di iniziative volte alla conservazione della flora e della fauna e dei loro habitat e per il coordinamento delle attività di monitoraggio dello stato della biodiversità, su tutto il territorio nazionale. La Direzione per la Protezione della Natura e del Mare (PNM) ha predisposto ed è responsabile dell’attuazione della Strategia Nazionale per la Biodiversità e segue l’attuazione degli impegni internazionali dettati dalle Convenzioni (Convenzione di Berna, Convenzione di Rio de Janeiro) e dalle direttive comunitarie Habitat e Uccelli, in base alle quali coordina e gestisce l’attuazione della rete Natura 2000.

La PNM si occupa inoltre dell’elaborazione di Piani d’azione, Linee Guida per la conservazione di specie ed habitat e della gestione di banche dati riguardanti il patrimonio naturale nazionale (Network Nazionale della Biodiversità – NNB).